临床微生物检验是检验医学中的重要组成部分,在疾病的诊断、治疗中发挥重要的作用。在临床微生物检验工作中，标本的正确选择、采集、运送和处理是确保实验室质量的重要环节，是实验室工作准确和有效的前提。
标本的选择和采集：
1、许多感染部位常伴有正常菌群的出现，所以采样时应避免寄生菌污染，保证每份标本能真实反映感染情况。
2、选择正确的感染部位、合适的时间、适当的设备来采集标本。
3、要采集足够量的标本，以保证检测的阳性率，量不足可能导致产生假阳性结果。
4、每份标本应具有患病动物的资料、标本类别、临床诊断、具体采集部位、采集及接收时间以及送检医师等信息。
具体的标本采集：
一、血液标本：
菌血症多数为间歇性发作，病原菌周期性出现在血液中，随之为无细菌时期。不管临床症状的严重程度如何，患病动物血液中病原菌浓度还是处于相当低的水平，因此要求临床多次采集血液标本进行送检，建议每个病例在不同部位采血2套血培养。注意采血部位消毒。
采集时间及频率：
一般在发热初期或者发热高峰期和使用或更换抗生素前采集标本。
二、痰及其他呼吸道标本的采集
采集时间：
一般以晨痰为好。
采集方法：
一般采用自然咳痰法，对于痰少、无痰的患病动物，可用45℃加温生理盐水雾化吸入，以使痰液易于咳出。
注意事项：
标本内切勿混入唾液及鼻咽分泌物。
三、咽拭子标本采集
采集时间：
在应用抗生素之前采集，以早晨起床后采集为宜。
采集方法：
先用清水清洗口腔，将患病动物的舌头向外拉伸，尽可能向外牵引，先用一个无菌拭子揩去溃疡或创面浅表分泌物，后用运送拭子越过舌根到咽后壁反复涂抹数次（注意拭子要避免接触口腔和舌粘膜），插入运送拭子的培养基中，密封，立即送检。
四、尿液标本的采集
采集时间及方法：
使用抗生素前，晨起第一次尿液，以中断尿为宜，必要时使用导尿术采集，操作中严格执行无菌技术。
五、穿刺液标本的采集：
采集时间：
在应用抗生素之前采集或选择药物浓度较低时抽取
采集方法：
用2%碘酊充分消毒皮肤，无菌操作用注射器以外科手术方法抽取或引流体内可疑感染部位的液体（胸腔积液、腹水、关节液等）注意尽量以标本的原始状态送检，不要用拭子运送。
六、脓液标本的收集：
采集时间：
在应用抗生素之前采集或选择药物浓度较低时采集
采集方法：
先以无菌生理盐水或75%乙醇冲洗拭去溃疡表面渗出物，尽可能抽取脓液与送检杯中送检，如用拭子，则用一支无菌棉拭子和一支运送拭子采集分泌物，送检，一支做涂片检查，一支做培养。
七、粪便标本的采集：
采集时间：
腹泻病畜在急性期，用药前采集。
采集方法：
自然排便法：自然排便后，挑取有脓血、黏液便2~3g，液体粪便取絮状物2~3ml，直接放于送检杯中送检。
直肠拭子法：对于不易获得粪便时可采用直肠拭子法采集，用生理盐水湿润后的无菌拭子插入肛门4~125px，旋转拭子，可在拭子上明显见到粪便，采用运送拭子送检。
八、毛发、皮屑等标本的采集
采集方法：
毛发挑选发病部位，毛发无光泽、断发或顺着毛发方向拔取部分毛发，放入自封袋中送检。皮屑标本用无菌小刀从损害部位的边缘向外刮取皮屑放入自封袋中送检，若鳞屑量较少时，则用透明胶带粘取皮屑放入自封袋中送检。